สภาพการณ์ที่เป็นปัญหาสำคัญประการหนึ่งของกระบวนการยุติธรรม ในภาพรวมคือหน่วยงานที่มีภารกิจทางด้านงานยุติธรรมกระจัดกระจายอยู่ ในความรับผิดชอบของต่างกระทรวงและกรมซึ่งแต่ละหน่วยงานมีทิศทาง และเป้าหมายการพัฒนาแตกต่างกันออกไปตามารกิจ และสภาพการณ์ ์ขององค์กร โดยไม่มีหน่วยงานกลางรับผิดชอบในการประสาน สนับสนุน กำหนดทิศทางนโยบายและกำกับดูแลการดำเนินภารกิจของหน่วยงาน ในกระบวนการยุติธรรมให้ไปสู่จุดมุ่งหมายเดียวกันในการอำนวยความ ยุติธรรมให้กับประชาชนจึงทำให้เกิดสภาพปัญหาที่ดำรงอยู่ ดังนี้
1. การประสานงานในกระบวนการยุติธรรมมีความเข้มแข็งและไม่เป็นไปอย่างเป็นระบบและต่อเนื่อง ทำให้การสร้างความร่วมมือในการแก้ไขปัญหาหรือสนับสนุนการดำเนินงาน ระหว่างกันไม่อาจเป็นจริงได้ หน่วยงานยังยึดถือเป้าหมายขององค์กรตนเอง อย่างแข่งขันกันในลักษณะทำงานแบบ ในอาณาจักรของตนเอง อันเป็นปรากฏการณ์ของความมุ่งหวัง;สร้างดาว กันคนละดวง จนเป็นกำแพงปิดกั้นการบูรณาการภารกิจระหว่างองค์กรให้มุ่งไปสู่เป้าหมาย โดยรวมของกระบวนการยุติธรรม ส่งผลให้การดำเนินงานมีลักษณะซ้ำซ้อนกัน ทำให้การใช้จ่ายงบประมาณของประเทศไม่เกิดประโยชน์สูงสุด การปฏิบัติงานมีมาตรฐานที่แตกต่างกัน มีความไม่ไว้วางใจระหว่างองค์กร จนบางครั้งนำไปสู่ความขัดแย้งในการดำเนินการ ซึ่งสิ่งเหล่านี้ล้วนแต่กระทบต่อสิทธิประโยชน์ และความสงบสุขของประชาชนแทบทั้งสิ้น อันนำมาซึ่งวิกฤติศรัทธาของประชาชนต่อกระบวนการยุติธรรม แม้ว่าหน่วยงานต่าง ๆ ในกระบวนการยุติธรรมได้ผลักดัน ให้มีคณะกรรมการประสานงานกระบวนการยุติธรรมเกิดขึ้นมาแล้วก็ตาม แต่เนื่องจากหน่วยงานที่รองรับภารกิจของคณะกรรมการชุดดังกล่าว ไม่ได้จัดตั้งขึ้นเพื่อให้มีหน้าที่ความรับผิดชอบโดยตรง แต่มีภารกิจหลักของตนรองรับอยู่แล้วจึงทำให้เกิดข้อจำกัด ในการปฏิบัติภารกิจของคณะกรรมการฯ อีกทั้งผู้ที่เข้าร่วมประชุมเพื่อการประสานงาน มักจะเป็นผู้ที่ได้รับมอบหมายจากกรรมการผู้มีอำนาจ ซึ่งอยู่ในฐานะไม่มีอำนาจในการตัดสินใจ หรือสั่งการในหน่วยงาน และโดยเฉพาะอำนาจและหน้าที่ของคณะกรรมการฯ มีขอบเขตจำกัดและขาดการเชื่อมโยง กับความรับผิดชอบในทางการเมือง จึงไม่สามารถกำกับดูแลให้เกิดผลในทางปฏิบัติ ได้อย่างมีประสิทธิภาพโดยแท้จริง
2. การพัฒนางานในภารกิจของกระบวนการยุติธรรม ในภาพรวมขาด ทิศทางที่ชัดเจน กล่าวคือ แต่ละหน่วยงานต่างก็มีแผนพัฒนาที่เป็นของตน เองทั้งนี้เนื่องจากขาดระบบการพัฒนายุทธศาสตร์และแนวนโยบาย ยุติธรรมแห่งชาติให้สอดคล้องกับสภาวะแวดล้อมที่เปลี่ยนแปลงไป การ พัฒนากระบวนการยุติธรรมเท่าที่เป็นมาในอดีต มุ่งไปที่การแก้ไขปัญหา ระบบย่อยที่ต่างดำเนินการไปตามที่เห็นสมควรโดยไม่มีนโยบายและ ยุทธศาสตร์ชี้นำในภาพรวมที่ชัดเจนและครอบคลุมภารกิจของกระบวนการ ยุติธรรม โดยเฉพาะในส่วนที่เกี่ยวกับสิทธิ เสรีภาพ และการปฏิบัติต่อ ปัจเจกบุคคล
3.ขาดหน่วยงานกลางที่ทำหน้าที่ในการพิจารณาการจัดสรรงบประมาณ ในภาพรวมของกระบวน การยุติธรรม และกำกับติดตาม ตรวจสอบ และเร่งรัดประเมินผล การปฏิบัติงานของระบบย่อยใน กระบวนการยุติธรรมทั้งระบบให้เป็นไปตามยุทธศาสตร์การพัฒนาแผนกลยุทธ์และแผนงบประมาณเพื่อ ไปสู่จุดมุ่งหมายสูงสุดของกระบวนการยุติธรรมตลอดจนยังไม่มีหน่วยงานกลาง ที่ทำหน้าที่ในการติดตาม และประเมินผลการใช้จ่ายงบประมาณและบังคับใช้กฎหมายอย่างเป็นระบบ ครบวงจรและต่อเนื่อง
4.ขาดหน่วยงานกลางที่เป็นศูนย์กลางทางด้านสารสนเทศกระบวนการยุติธรรมที่จะสนับสนุนการ ปฏิบัติในภารกิจของหน่วยงานต่าง ๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ
แนวคิดในการจัดตั้งสำนักงานกิจการยุติธรรม
เพื่อให้การพัฒนากระบวนการยุติธรรมเป็นไปอย่างมีทิศทางเดียวกันโดย มีเป้าหมายสูงสุดในการอำนวยความยุติธรรมให้กับประชาชนคณะกรรมาธิการ การบริหารและการยุติธรรมวุฒิสภาและคณะกรรมการพิจารณาโครงการสร้าง กระทรวงยุติธรรม (ตามคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีที่ 59/2541ลงวันที่ 15 กุมภาพันธ์ 2541) ได้มีความเห็นพ้องกันว่ากระทรวงยุติธรรมใหม่ ต้องเป็น "ศูนย์กลาง" (focal point) ของการบริหารงานยุติธรรมอย่างแท้จริง ดังนี้
1.เป็นองค์หลักในการบริหารและประสานระบบย่อย ของกระบวนการยุติธรรมทุกระดับชั้น ตั้งแต่ชั้นก่อนฟ้องชั้นพิจารณาคดี ชั้นบังคับคดีตลอดจน การดำเนินการในการพัฒนาทางเลือกอื่นๆในการแก้ปัญหาความขัดแย้งนอกจากที่มีอยู่ในกระบวนการ ยุติธรรม (Alternative dispute Reroltuions) ทั้งในทางแพ่งและทางอาญา
2.เป็นองค์กรหลักในการพัฒนายุทธศาสตร์และแนวนโยบายการยุติธรรมแห่งชาติ เป็นการประสาน ความร่วมมือในการป้องกันและควบคุมอาชญากรรม ระหว่างภาครัฐและเอกชนรวมถึงการตรวจสอบถ่วงดุล การบริหารงานยุติธรรมในระบบย่อยของกระบวนการยุติธรรมประกอบกับจากรายงานการประชุมทางวิชาการ และสรุปผลการพิจารณาศึกษา เรื่อง กระบวนการยุติธรรมและเรื่องพัฒนาการขององค์กรหรือหน่วยงานต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการยุติธรรม ทางอาญาและทางแพ่ง ของคณะกรรมาธิการการบริหารและการยุติธรรม วุฒิสภาได้เสนอว่า ในการพัฒนากระบวนการยุติธรรมให้เป็นไปในทิศทางเดียวกันและมีประสิทธิภาพควรปรับปรุงการประสานงานและการวางแผนในหน่วยงานของกระบวนการยุติธรรม ดังนี้
- จัดตั้งฝ่ายประสานงานของทุกหน่วยงาน
- จัดตั้งองค์กรกลาง เช่น สถาบันอาชญาวิทยาและทัณฑ์วิทยาแห่งชาติ
- ตั้งเป้าหมายและอุดมการณ์ร่วมกันในการรักษาความเป็นธรรมในสังคม
- ให้ทุกองค์กรในภาครัฐร่วมกันวางแผนงานยุติธรรมแห่งชาติให้ชัดเจน ทั้งระบบ โดยให้องค์กรเอกชนมีส่วนร่วม